ประวัติศาสตร์ของอยุธยาสักครึ่งหนึ่งจมอยู่ใต้ดิน และมีอีกครึ่งที่โผล่พ้นดินในรูปของหลักฐานซึ่งเราเรียกว่า "โบราณคดี" แต่หลักฐานพวกนี้ยังไม่ได้ถูกนำมาวิเคราะห์ร่วมกับเอกสารทางประวัติศาสตร์มากนัก อาจกล่าวได้ว่า "โบราณคดี" เป็นการศีกษาประวัติศาสตร์แบบนอกตำรา เพราะใช้หลักฐานจากชั้นดิน และวัตถุสิ่งของที่ผู้คนในอดีตทั้งชนชั้นสูง ขุนนาง ชาวบ้านเคยใช้ซึ่งช่วยเผยให้เห็นความจริงในประวัติศาสตร์อีกมิติหนึ่งที่ทั้งขัดแย้งและสอดคล้องกัน Ayutthaya Underground : ประวัติศาสตร์อยุธยาจากวัด วัง ชั้นดิน และสิ่งของ คือ ความพยายามของนักโบราณคดีและไม่โบราณคดี ที่นำโดยพิพัฒน์ กระแจจันทร์ ในการรวบรวมหลักฐานจากแหล่งขุดค้นทางโบราณคดีทั้งในและนอกเกาะอยุธยา เพื่อเขียนประวัติศาสตร์อยุธยาในสไตล์โบราณคดี ที่จะตอบคำถามบางประการที่นักประวัติศาสตร์ตอบไม่ได้ ค้นหาไม่พบ หรือเป็นความเชื่อมากกว่าความจริง อาทิ "พม่าเผาวัดพระศรีสรรเพชญ์จริงหรือไม่?" "พระราชวังหลวงเดิมของสมเด็จพระเจ้าอู่ทองอยู่ที่ไหน?" "อำนาจวงศ์สุพรรณภูมิมาจากไหน?" วัตถุสิ่งของจากหลุมขุดค้นเผยให้เรารู้อะไรได้บ้าง? และอีกมากมายในหนังสือเล่มนี้." -- ปกหลัง

• ชั้นดินที่ 1 : From Surface to Undergroung (จากพื้นผิวดินสู่ใต้ดิน)
• ชั้นดินที่ 2 : เปิดกรุประวัติศาสตร์ผ่านโบราณคดีในกรุงศรีอยุธยา
• ชั้นดินที่ 3 : ขุมทรัพย์ประวัติศาสตร์กับโบราณคดีในหัวเมืองสมัยอยุธยา